Ma fin dal tardo neolitico (3000 a.C.) quella fertile pianura bagnata dal grande fiume, tra 'luppie' (sabbie alluvionali) e leggere alture (dossi), in parte naturali dovute alla vitalità del fiume e in parte rafforzate dall'uomo a creare quei villaggi fortificati noti come 'Motte', è stata abitata dall'uomo.

Le testimonianze archeologiche più consistenti risalgono al X - VIII secolo a.C. (età del bronzo).

E in quella che era la più ampia tra le Motte si sviluppò un'importante cittadina legata all'estense, donatasi all'alleanza romana con il toponimo di Motta Aeniana (Montagnana).

La cittadina, presumibilmente già fortificata ed interamente circondata dal fiume, forse anche un vero e proprio fortilizio militare (castrum), divenne snodo importante e passaggio sull'Adige lungo la via Emilia Altinate nota anche come via Annia (175 a.C.).Dell'XI secolo risulta un recinto murario rafforzato da torri 'bertesche' (torri di legno) circondato da ampio fossato. Già nel secolo successivo si sviluppa un vivace borgo che richiede insediamenti fuori delle mura.

A metà del duecento si registra l'assedio dell'Ezzelino, conclusosi con un grande incendio e la distruzione quasi totale dei manufatti, ma costruì l'imponente mastio di Castel Zeno con funzioni esclusivamente militari. Tornata in mano al Comune di Padova, nel 1275 si provvide ad insediare un importante presidio militare e venne ampliato il castello di San Zeno ed eretta una cortina muraria che parzialmente cingeva il borgo.

L'opera di recinzione venne completata dai Carraresi nel 1362 e, a cardine della macchina militare, venne edificata la Rocca degli Alberi, rivolta al belligerante castello di Bevilacqua, tenuto dagli Scaligeri.

L'irregolare poligono murario è lungo quasi 2 chilometri, l'altezza varia dai 6,5 agli 8 metri, lo spessore è di 1 metro ma rafforzato internamente da poderosi archivolti che sostengono l'ampio camminamento di ronda.

Ventiquattro le torri, di forma varia ad esagoni irregolari, e svettano per oltre 8 metri dalla linea delle merlature arrivando